Í leggöngunum finnast margar gerðir baktería, bæði góðar bakteríur (e. lactobacilli) sem standa vörð um heilbrigði legganganna, en einnig aðrar slæmar bakteríur (e. anaerobes). Góðu bakteríurnar viðhalda jafnvægi á sýrustigi í leggöngunum (pH-gildi) og með því heilbrigði legganganna. Þegar eðlileg bakteríuflóra legganga raskast, geta slæmu bakteríurnar fjölgað sér umfram aðrar og upp kemur ójafnvægi (e. bacterial vaginosis) sem veldur óþægindum.